Wiederentdeckt wurden die Überreste der Fraumünster-Krypta während den Restaurationsarbeiten im Sommer 1900. Damals liess Stadtbaumeister Gustav Gull Teile der Fraumünster-Abtei, die 1524 während der Reformation aufgehoben wurde, abreissen. An deren Stelle errichtete er das Stadthaus und den neuen Kreuzgang. Für den neu entdeckten Raum unterhalb des Fraumünsterchors gab es damals keine Verwendung im Kirchenalltag. Er wurde als Materiallager zweckentfremdet. Erst seit 2016 ist die Krypta für die Öffentlichkeit zugänglich, nachdem sie fachkundig renoviert wurde.
Archäologische Funde
Die Mauerreste sind die letzten Zeugnisse der Vorgängerbauten des heutigen Fraumünsters. Sie stammen wahrscheinlich aus dem 9. Jahrhundert, also aus der Gründungszeit der Abtei. Der Umfang der Krypta aus derselben Zeit lässt sich anhand der Ruinen erahnen. Im 11. Jahrhundert wurde die Krypta stark umgebaut. Darin wurden Reliquien aufbewahrt.
Die Ausstellung
Die Ausstellung im Krypta-Museum bietet Einblick in die Entwicklung des Klosters, in die Reformation und Geschichte des heutigen Fraumünsters. Zeichnungen und Animationen dokumentieren die Bauphasen des Klosters.
Ein weiterer Schwerpunkt liegt auf der Reformationszeit. Ausgestellt sind Faksimiles von Briefen von Heinrich Bullinger, z.B. an Martin Luther und Philipp Melanchton, sowie eine Ulrich-Bibel, die der Fraumünster-Pfarrer Johann Caspar Ulrich 1755 veröffentlichte. Höhepunkt bildet der Kopf einer Marienstatue, welcher die Nase fehlt. Sie wurde 2013 bei Ausgrabungen an der benachbarten Börsenstrasse geborgen. Sie ist ein Zeugnis des Bildersturms nach der Reformation.
Der dritte Teil der Ausstellung zeigt die Entwicklung von der Abtei zur heutigen Pfarrkirche, u.a. mit Porträts aller Pfarrpersonen seit 1524.
